高中一年级学生·夜科扬羽，某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的“红色电话卡”。
几天后，持有相同电话卡的青梅竹马兼同学·雨宫樱子失去了踪影。
为了寻找她，扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续“神隐”失踪事件的黑幕——“秘密结社PSYREN”。
随后，一场赌上性命的游戏开始了——