人类少女凝曦机缘巧合下进入妖兽横行的现实世界，惊觉自己所生活的“江南市”竟然是由上古神兽白泽用妖丹化成的庇护所，真实世界已经进入了末世。凝曦为了探寻真相进入守护庇护所的机构证妖司。在证妖司中受训时，和同伴们一起守护结界，凝曦逐渐了解万物生魂裔、山海公司和伊甸等势力，并决定揭露世界真相，给江南市中的人选择的机会。